Marik, unico figlio maschio della famiglia Ishtar, è un giovane a cui verrà eriditato il compito di proteggere la tomba del faraone fino alla sua resurrezione. Egli ha l' obbligo di restare sempre e in qualunque caso chiuso tomba del faraone estraniandosi dal mondo esterno.
Un giorno, sua sorella Ishizu Ishtar viene persuasa per una semplice gita all' esterno poco prima del giorno della sua iniziazione da vero guardiano della tomba. La gita si rivela giovante per il piccolo Marik che scopre finalmente il mondo dal quale era stato allontanato per tantissimi anni e che non avrebbe visto mai più. La sorella riesce a portarlo via però i due vengono scoperti dal padre che diverrà la scintilla per l' animo malvagio di Marik.
La parte malvagia di Marik prende quindi il sopravvento.
Marik organizza il suo piano fin dall' inizio: impedire al faraone di riprendere il potere. Rubando la barra del millennio e prendendo il controllo tramite essa di diverse persone, riesce a infiltrarsi in un torneo dove il faraone sta lottando. Usa i "Rare Hunter", puri burattini nelle mani di Marik, per cercare le tanto bramate divinità egizie per sconfiggere una volta per tutte il faraone.
Grazie al suo Drago Alato Di Ra riesce ad arrivare in finale e a scontrarsi con il faraone collezionando una serie innumerevole di anime tra cui quelle di: Mai Valentine, Ryou Bakura e, per ultimo, Joey Wheeler.
Il duello si protrae per ben 4 puntate che vale la pena di guardare.
Alla fine, Yami riesce a sconfiggere il suo lato malvagio imprigionandolo nel regno delle ombre. Marik mostrerà la sua spalla dove, durante il rito di iniziazione come guardiano della tomba, erano stati incisi i segreti del potere del faraone.

La Città dei Duelli

Yugi partecipa al torneo dei duellanti indetto da Seto Kaiba, ma ben presto scopre che un tizio misterioso vuole ottenere il controllo. Lo scopre quando Joey perde il suo drago nero occhi rossi duellando con uno strano duellante che usa le carte di Exodia il Proibito. Kaiba svela che per arrivare in finale al torneo bisogna conquistare sei Location Card prima di tutto, e che chi viene sconfitto in un duello deve consegnare al vincitore la sua carta più rara. Il primo duellante che Yami affronta è Rare Hunter, lo stesso che, sconfiggendo Joey, gli ha sottratto il suo Drago Nero Occhi Rossi. Rare Hunter è un avversario pericoloso, in quanto utilizza il deck di Exodia, ma per essere sicuro della vittoria ricorre a tutta una serie di inganni. Nonostante ciò viene sconfitto e Yami recupera il drago, ma Joey gli chiede di tenerlo come pegno della loro amicizia. Poco dopo lo stesso Joey affronta Extra Roba, un duellante che dice di possedere poteri psichici, ma che in realtà si fa aiutare dai suoi fratelli che gli comunicano di nascosto le carte dell'avversario. Joey lo smaschera e lo sconfigge, conquistando la prima Location Card e il potente Jinzo, che da quel momento in poi diverrà una delle sue punte di diamante.

Durante il secondo giorno del torneo, Yugi viene sfidato da un nuovo Rare Hunter: Arcana, il "Padrone dei Maghi Neri", che ha accettato di seguire Marik in cambio della promessa da parte di quest'ultimo di riportare in vita la donna che amava. Così come i suoi compagni anche Arcana gioca sporco, ma viene sconfitto da Yugi che usa la Dark Magician Girl, che fa la sua prima apparizione nella serie rivelandosi subito bella e pericolosa. Joey intanto combatte il suo secondo incontro sfidando Bruchido Aga, re degli insetti, che non mai sazio di imbrogli ha fatto infilare nel deck del suo avversario una carta che lo metta nella condizione di perdere il duello, ma sottovaluta le capacità di Jounouchi, che oltre a sconfiggerlo gli porta via la sua Regina degli Insetti vincendo una Locator Card.

Nel frattempo, Marik ha consegnato ad un altro dei suoi servitori una delle carte delle divinità egizie per sconfiggere Yugi e si è messo in viaggio alla volta di Domino per occuparsi personalmente del faraone.

Viene quindi il terzo giorno. Mentre Jounouchi sconfigge Mako Tusunami, conquistando tutte le sei Locator Card di cui ha bisogno, Yugi affronta in duello un misterioso mimo, in realtà controllato dallo stesso Marik, e per la prima volta si trova di fronte ad una delle divinità egizie: Slifer, Drago del Cielo (Drago Sacro di Osiride nella versione originale). Il dio egizio Slifer sembra inarrestabile, ma Yugi riesce a scoprirne il punto debole e usando un espediente costringe l'avversario a consumare tutto il suo deck, decretandone la sconfitta. In quell'occasione Marik minaccia Yami di mettere i suoi migliori amici contro di lui, quindi il faraone si mette immediatamente alla loro ricerca. Intanto Jounouchi e Anzu hanno fatto la conoscenza di Namu, un ragazzo apparentemente semplice ed amichevole, sotto il quale però non sanno nascondersi il vero Marik. Bakura si mette d'accordo con Marik che fa rapire Anzu e Mokuba, ma la ragazza aiuta Mokuba a scappare; in seguito lei e Jounouchi, a sua volta catturato, subiscono il potere della Millennium Oar, diventando degli automi senz'anima. Yugi e Seto, che a sua volta si è messo a cercare Mokuba, vengono sfidati in un duello a coppie da Luce e Ombra, altri due Rare Hunter, e malgrado la testardaggine di Seto i due riescono a collaborare e a vincere. Alla fine del duello, Mokuba li raggiunge e svela loro dove siano tenuti Anzu e Jounouchi: al porto. Con un elicottero li raggiungono, ma è ormai troppo tardi. Marik costringe Yami a confrontarsi con Jounouchi, caduto sotto il suo controllo, in un duello che mette in palio non solo la carta degli dèi egizi ma anche le loro vite: entrambi infatti sono legati ad un ancora che, alla fine del duello, trascinerà il perdente in mare; viene stabilito anche un limite di tempo di trenta minuti, allo scadere dei quali l'ancora si staccherà automaticamente decretando la morte di entrambi. Infine, per evitare che Seto o chiunque altro possa interferire, Anzu viene legata ad una sedia con un container sopra la testa collegato a una carica di C4 che un Rare Hunter è pronto a far esplodere, e all'inizio del duello Marik cessa il suo controllo di su lei (nel manga le viene messa fra le labbra una capsula piena di veleno, e viene liberata solamente al termine dello scontro). Mentre Yugi, che si è sostituito a Yami, tenta di far tornare in sè il suo amico, avvalendosi anche dell'aiuto di Drago Nero Occhi Rossi, Marik ordina agli ultimi Rare Hunter rimasti di catturare Shizuka, la sorella di Jounouchi, appena uscita dall'ospedale dopo l'intervento agli occhi. Honda (Tristan) la difende, e riesce anche, a suon di pugni, a farsi dire dove siano i suoi amici, quindi, assieme a Duke e Mai, accorsi in loro aiuto, si dirigono tutti al porto.

Intanto, la forza di volontà di Jounouchi si rivela più forte del controllo di Marik, e il giovane riesce a liberarsi; contemporaneamente Seto riesce a salvare Anzu, quindi, senza più motivo di posticipare la cosa, Yugi si toglie da solo gli ultimi LP, in modo che Jounouchi possa salvarsi. Lui però, con un espediente, fa comparire anche la chiave per liberare Yugi e lo salva, ma viene trascinato in mare. Per salvare il fratello, Shizuka si toglie la benda dagli occhi, prende la chiave e si tuffa in acqua. Una volta riuniti, Yugi, Jounouchi e Mai, che hanno passato tutti le fasi preliminari, si dirigono coi loro amici verso un impianto sportivo in costruzione dove si svolgeranno le finali del torneo.

Il Dirigibile

Mentre Yugi e gli altri raggiungono lo stadio, Bakura, che era finito in ospedale a seguito del tradimento di Marik, si risveglia come Yami Bakura, e questi, recuperato un duel disk ed una locator card, si mette alla ricerca delle rimanenti cinque. Raggiunge quindi il cimitero, dove sfida Bonze Re degli Zombi e i suoi amici, convincendoli a scommettere le loro cinque carte tutte in una volta. Naturalmente i tre vengono sconfitti e spediti all'altro mondo, e Yami Bakura, fingendosi il vero Bakura, raggiunge a sua volta lo stadio. Oltre a lui, Seto, Jounouchi, Mai e Yugi. Gli altri finalisti sono Isis, la misteriosa donna che aveva consegnato a Seto Obelisco del Tiranno, Marik e Odion, il suo fedele braccio destro. Quest'ultimo, su ordine del suo maestro, si finge il vero Marik, in modo da depistare il faraone. Quando tutti i finalisti sono riuniti, nello stadio scende un grande dirigibile della Kaiba Corporation, che subito prende il volo alla volta dell'Isola su cui si svolgeranno gli ultimi incontri. I quarti di finale, però, verranno disputati direttamente a bordo del velivolo, nel terreno di gioco sul tetto. Il primo incontro vede confrontarsi Yami Yugi e Yami Bakura. Dopo le prime battute, lo spirito dell'anello mette in gioco la carta Tavola del Destino, che ad ogni fine turno del suo avversario gli permette di evocare una lettera stregata. Quando le cinque lettere che compongono la parola FINAL (DEATH nella versione giapponese) saranno sul terreno, Yami Yugi avrà perso. Inoltre, per tutelarsi, ricorre al potere speciale di Paura Oscura, grazie al quale può infettare ad ogni turno un mostro dell'avversario con uno spirito oscuro, e se il mostro attacca il colpo si ritorce contro Yugi. All'ultimo momento, però, il faraone riesce ad evocare Slifer e a sconfiggere Yami Bakura, che esce dallo scontro estremamente indebolito, giurando vendetta.

Nel secondo duello dei quarti Jounouchi affronta Odion, che tutti credono essere Marik. Il duello volge al peggio per Jounouchi, dal momento che il suo avversario può contare su letali e pericolose trappole, oltre che sulla pericolosa Bertia di Serghet, che in poco tempo falcidia tutti i mostri del ragazzo lasciandolo indifeso ed esposto al colpo di grazia. Marik però ha altri programmi, e ordina al suo servitore di utilizzare la carta speciale che tiene nel suo deck: una copia perfetta e fedele del terzo dio egizio, il Drago Alato di Ra. Odion è titubante, ma alla fine ubbidisce a Marik, ed evoca la copia del drago. Il dio però sfugge al suo controllo, e considerando la copia come un insulto stende entrambi i duellanti con una tempesta di saette. Dal momento che entrambi possiedono 200 LP, viene stabilito che vincerà chi dei due si rialzerà per primo entro due minuti, altrimenti entrambi saranno squalificati. A rialzarsi è Jounouchi, e ora che Odion non è più in grado di tenerlo a freno il lato oscuro di Marik si ridesta completamente, prendendo il sopravvento sulla sua metà buona.

Il terzo incontro vede Mai confrontarsi contro Marik in persona. La ragazza, a causa di un battibecco con Jounouchi, non vuole sentire ragioni in merito alla pericolosità rappresentata dal duello, e si dice pronta a combattere fino alla fine. Marik però trasforma subito lo scontro in un Gioco delle Ombre, in cui per ogni mostro giocato porta dentro di sè i ricordi di una persona, quindi, se viene distrutto, anche le memorie scompaiono. Mai, che inizialmente non crede a questa storia, è costretta a ricredersi quando Anzu e Jounouchi scompaiono letteralmente dai suoi ricordi. Yami Yugi decide di correre in suo aiuto, e la guida fuori dall'oscurità per permetterle di proseguire nel duello. La ragazza poi, con una mossa fenomenale, riesce ad impossessarsi nientemeno che della carta del dio egizio, ma quanto la gioca la aspetta una brutta sorpresa: il drago infatti è rinchiuso in una sfera dorata, e solo pronunciando la formula magica riportata sulla carta uscirà allo scoperto; dal momento che la formula è scritta in ieratico Mai non è in grado di leggerla, e non appena il turno passa a Marik lo spirito risveglia tutta la potenza di Ra; malgrado l'intervento di Jounouchi e Yugi limiti di molto la potenza d'attacco di Ra, ed anche l'effetto del gioco delle ombre, Mai viene sconfitta e spedita in un limbo al confine fra la vita e la morte, dove la sua anima lentamente si indebolisce.

La perdita di un altro dei loro amici spinge Jounouchi e i suoi amici in uno stato di profonda angoscia, ma per Seto il torneo deve andare avanti e il capo della Kaiba Corp si prepara a confrontarsi con Isis. Isis, con la sua collana del millennio, ha già visto il futuro, un futuro che la vede vincere il duello, ma con sua grande sorpresa la sua visione si rivela errata, e Seto riesce a sconfiggerla; la donna capisce quindi che sia Seto che Yugi hanno il potere di influenzare lo scorrere del tempo e di cambiare il futuro.

La donna racconta quindi a Yugi e ai suoi amici cosa ci sia realmente dietro alla pazzia di Marik. I due fratelli discendono da un'antica famiglia di guardiani che da oltre tremila anni custodisce la tomba del grande faraone, nell'attesa del suo ritorno. In quanto unico figlio maschio dei capi della tribù, Marik era destinato fin dalla nascita a portare avanti la tradizione dei suoi antenati, un compito che lui ha sempre detestato, in quanto gli avrebbe proibito per tutta la vita di uscire alla luce del sole. La rabbia e l'odio montarono dentro di lui fino a dargli una seconda personalità, quella di Yami Marik; costui, dopo aver ucciso suo padre, venne però messo a freno da Odion, che con la sua presenza riusciva a far sì che il vero Marik, per quanto ormai divenuto malvagio, avesse ancora il controllo di sè. Una parte del vero Marik, che nel frattempo ha compreso i suoi errori, vive ancora dentro Anzu (infatti, a differenza di Jounouchi, lei non si è mai liberata dal suo controllo); controllando la ragazza, Marik instilla una parte del suo spirito anche dentro Yami Bakura, in modo da conferirgli le forze necessarie per sfidare Yami Marik. Quest'ultimo però dimostra di possedere maggiori conoscenze in merito ai poteri di Ra, e servendosi del dio egizio manda nel Regno delle Ombre entrambi i suoi sfidanti, convinto di essersi finalmente liberato anche del suo alter ego (ma non sa che una parte di lui è ancora dentro Anzu).

Intanto è calata la notte, e quasi tutti nel dirigibile stanno dormendo. Honda e Otogi, però, hanno una discussione sul tetto del dirigibile, e in seguito alla colluttazione rischiano di cadere di sotto, ma vengono salvati dall'intervento di Shadi, il custode della Millennium Anhk (o Chiave del Millennio). Lo spirito si rivela poi a Yami, raccontandogli di come, anni addietro, avesse aiutato Pegasus nella creazione delle carte degli dèi egizi. Le carte in questione, però, si erano rivelate troppo potenti, e la loro forza troppo distruttiva, al punto che Pegasus decise di nasconderle in modo che nessuno potesse mai più sfruttare il loro potere, ma ora che le tre divinità sono state liberate l'universo intero è in grave pericolo.

La Torre dei Duelli

Alla fine il dirigibile di Seto, modificato in forma di jet per sfuggire all'esplosione della base di Noah, atterra all'isola della Kaiba Corporation, un gigantesco ammasso di rovine su cui domina un'altissima torre, ed è proprio nella torre che si svolgeranno le finali del torneo.

Prima però, per decidere gli accoppiamenti per le semifinali, si svolgerà una gara a quattro tutti contro tutti, in cui i primi due che perderanno formeranno la prima coppia, gli altri invece la seconda. Jounouchi ha la sfortuna di iniziare il duello con una pessima mano, quindi subito gli attacchi di Seto e Marik si concentrano su di lui. Intanto Yugi tenta di difende Jounouchi, ma il suo amico gli fa capire che è proprio nel suo interesse farsi sconfiggere, in modo da poter affrontare Marik e liberare Mai, e precisa inoltre che si sentirebbe offeso de Yugi dovesse trattarlo coi guanti solo perché sono amici.

Alla fine, il primo duello delle semifinali vede confrontarsi proprio Jounouchi e Marik. Il duello diventa subito un Gioco delle Ombre, in cui ogni mostro non è altro che l'emanazione di una parte dell'energia vitale del suo custode, quindi perdere i mostri vuol dire perdere anche le proprie forze. Jounouchi tenta in tutti i modi di mettere in difficoltà il suo avversario, ma quando crede di essersi liberato del pericoloso dio egizio costringendo Marik a spedirlo al cimitero, Marik al contrario se la ride, dal momento che la vera forza di Ra si manifesta proprio nel cimitero. Usando Mostro Resuscitato Marik riporta in vita il dio, facendogli assumere la forma della Fenice. In questo modo, Ra spazza via tutti i mostri sul terreno di Jounouchi prima di tornare al cimitero, ma, con grande terrore di Marik, anche questo sembra non bastare a far esaurire al biondino tutte le sue energie, dal momento che dopo l'attacco riesce ancora a reggersi in piedi, e persino ad evocare un mostro che potrebbe mettere fine al duello, ma proprio all'ultimo secondo le forze lo abbandonano, facendogli perdere il duello.

Mentre Jounouchi, prigioniero di un sogno, viene ricoverato a bordo del dirigibile, e mentre viene richiesto l'invio di un elicottero di soccorso dalla terraferma, comincia la seconda semifinale fra Seto e Yugi, gli eterni avversari. Prima del duello Yami comincia a dubitare delle proprie capacità, e anche Anzu gli sconsiglia di prendere parte alla sfida, ricordandogli quante persone stiano pagando le conseguenze della follia di Marik. Servendosi della collana di Isis, però, Yami vede sè stesso duellare con Jounouchi, quindi è sicuro che in un modo o nell'altro tutto si concluderà per il meglio. Cosi inizia il duello fra Yugi e Seto.

Entrambi cercano subito di far scendere in campo il proprio dio egizio, ma quando Yugi sembra sul punto di avere la meglio Seto riesce a far sì che le due divinità si distruggano a vicenda, ma la distruzione del mostro provoca un'enorme esplosione di energia in cui i due rivali rivedono l'antica lotta che vedeva contrapporsi lo stregone Seth e il suo Drago Bianco con il grande faraone e Mago Nero. Malgrado anche Seto assista alla visione la sua testardaggine lo porta a non voler credere di aver vissuto in un'altra vita, ma più il duello prosegue più esso sembra rievocare quell'antico scontro.

Intanto Jounouchi si è ripreso, ed insieme a tutti gli altri è salito in cima alla torre per incoraggiare il suo amico, che dopo una lunga lotta e grazie anche all'aiuto di Drago Nero Occhi Rossi riesce a trionfare.

Seto rimane estremamente contrariato per essere stato nuovamente sconfitto, ma alla fine, messo sotto pressione da Jounouchi, accetta di duellare con lui per il terzo posto. Poco prima dell'inizio dello scontro il vero Marik prende nuovamente possesso della mente di Anzu e, dopo aver parlato con sua sorella, tenta di ostacolare il suo alter ego ma viene messo alle strette, e solo l'intervento di Yami salva sia lui che Anzu. Intanto Jounouchi ha perso, ma l'aver saputo tener testa a un asso dei duelli come Seto lo riempie di orgoglio.

A questo punto, giunge il momento dello scontro finale fra Yami e Marik. Il nuovo gioco delle ombre creato dallo spirito fa in modo che se si perdono dei LP saranno le anime di Yugi e del vero Marik a pagarne le conseguenze, dal momento che verranno sempre più inghiottite dall'oscurità. Yami quindi si trova in difficoltà, perché anche se vorrebbe salvare il vero Marik non può permettere che Yugi venga consumato dalle ombre. Quando il duello comincia a mettersi davvero male per il faraone Marik prende possesso per l'ultima volta del corpo di Anzu e invita il faraone a combattere senza pensare alla sua sopravvivenza, e subito dopo appare anche ad Odion, con cui si scusa per tutto il male commesso.

Comprendendo che il suo maestro è in pericolo Odion raggiunge la cima della torre e incita il vero Marik a liberarsi dal controllo della sua metà oscura, che nel frattempo si è unita a Ra per sferrare il colpo finale al faraone.

Rincuorato dalla presenza di Odion e con l'aiuto di Yami, il vero Marik riprende il controllo, scambiandosi di posto con Yami Marik che scompare definitivamente nel momento in cui Marik si arrende.

Yugi è quindi il campione del torneo di Battle City, e oltre ad aver ottenuto finalmente tutte e tre le carte degli dèi egizi ha finalmente la possibilità di leggere l'antica profezia scritta sulla schiena di Marik, in cui è predetto il suo destino.

Seto Kaiba innesca l'autodistruzione dell'isola, ma dal momento che il dirigibile è stato danneggiato durante la fuga dall'installazione di Noah sembra impossibile evitare l'esplosione. Yugi e gli altri però riescono a scappare grazie all'elicottero che era stato inviato per soccorrere Jounouchi, mentre Seto e Mokuba evacquano appena in tempo a bordo di un jet con le fattezze del drago bianco.

Concluso il torneo ognuno va' per la sua strada compresi Bakura e Mai, che si sono risvegliati, e mentre Anzu si preoccupa del fatto che molto presto il faraone dovrà separarsi da loro, Yami Yugi vede avversari la previsione avuta sull'isola quando affronta Jounouchi per decidere chi dei due dovrà tenere Drago Nero Occhi Rossi.