Saga di Pegasus
La lotta contro il possessore dell' occhio del millennio e fondatore del moderno duel monster.

Episodi 0-49

Yugi Mutou è un ragazzo delle scuole superiori in possesso del puzzle del millennio, il quale gli dona il potere dell'unificazione con yami, assieme ai suoi amici Joey, Tristan e Tea si dirige verso la Kaiba Corporation per aiutare suo nonno, il quale sta duellando contro Seto Kaiba.
Quando arrivano ormai è tardi per il nonno di yugi, ormai è stato sconfitto ed obbligato a separarsi dal suo Drago ad Occhi Blu, strapapto successivamente da Seto. Yugi decide di sfidare Seto per vendicare suo nonno, ma nel corso del duello la situazione si mette male, yugi rimane senza difese contro tre Draghi ad Occhi Blu, ma credendo nel cuore delle carte riesce a pescare la carta giusta, l'ultima carta che gli mancava per evocare il Potentissimo Exodia che mette fine all'incontro.
Qualche giorno dopo l'incontro Yugi riceve un pacchetto con una cassetta ed un invito per partecipare al torneo del regno dei duellanti, Yugi e i suoi amici guardano la cassetta dove si vede Pegasus, il quale grazie ai poteri dell'occhio del Millennio chiude l'anima del nonno di Yugi in una carta così decide di andare nel regno dei duellanti.



I suoi Amici prendono la nave per l'isola come clandestini, Joey invece riesce a partecipare al torneo dei Duellanti anche se senza invito.
Sulla nave Yugi e Joey incontrano Bruchido, un duellante classificatosi primo al torneo nazionale, il quale chiede di poter vedere Exodia.
Yugi glielo da ma Bruchido lo getta in mare, Joey si tuffa per riprenderlo ma riesce a recuperare solo due pezzi.
Nel regno dei duellanti affrontano molti duellanti fortissimi come Mako, Bruchido, Rex, Mai Valentine e Seto.
Lo scopo del torneo e raccimolare dieci stelle per poter entrare nel castello dove si terrà la fase finale.
I quattro finalisti sono Joey, Mai Valentine, Yugi e Seto.
Prima del torneo si svolge un incontro in cui si affrontano Seto Kaiba e Pegasus, nel quale vince quest'ultimo che rinchiude l'anima di Seto in una carta.
Nelle semifinali vincono Yugi e Joey i quali si affrontano in finale, con la vittoria di Yugi.
Yugi successivamente affronta Pegasus in un incontro difficilissimo dove riesce ad ottenere la vittoria e a liberare le persone rinchiuse nelle carte.
Il premio in monete lo dona a Joey per poter pagare l'operazine della sorellina Serenity.

Il Regno dei Duellanti

La prima stagione della serie, nota come "Il regno dei duellanti" ("Duelist Kingdom"), è ispirata direttamente al manga, pur con qualche differenza. L'anime non racconta l'antefatto (la scoperta da parte di Yugi del Puzzle del Millennio) ma inizia quando Yugi Mutō sfida Seto Kaiba a Duel Monsters per riavere la preziosa carta del Drago Bianco Occhi Blu che Seto ha sottratto al nonno, Solomon Muto (Sugoroku Muto in originale). Nonostante Seto sia l'attuale campione mondiale del gioco, Yugi riesce a prevalere grazie alle cinque carte di Exodia il Proibito (questo scontro viene narrato anche nel manga e nella serie Yu-Gi-Oh! della Toei, anche se i fatti si svolgono diversamente nelle tre opere).

La notizia che un principiante ha sconfitto il campione mondiale arriva alle orecchie di Maximillion Pegasus, che decide di sfidare Yugi a distanza grazie ai suoi poteri magici: infatti Pegasus possiede un talismano egizio, l' Occhio dei Millennio, con il quale trasforma la partita in un "Gioco delle Ombre", nel quale le carte prendono vita. Pegasus spiega di aver creato il gioco di Duel Monsters ispirandosi ai duelli che si svolgevano nell'Antico Egitto, nei quali i duellanti combattevano facendo scontrare mostri veri: aggiunge che il potere sprigionato dai Giochi delle Ombre rischiava di distruggere tutto il mondo, e che fu un misterioso Faraone senza nome ad imprigionare tale potere in sette oggetti magici, gli Oggetti del Millennio. L'interesse che Pegasus nutre per Yugi è motivato anche dal fatto che il ragazzino possiede uno dei sette oggetti, il Puzzle del Millennio (un puzzle tridimensionale d'oro a forma di piramide rovesciata, ritrovato dal nonno molti anni prima in Egitto), contenente proprio lo spirito del Faraone senza nome, il quale può "possedere" il corpo di Yugi trasformandolo in Yami Yugi ("lo Yugi oscuro"). Nonostante la maggiore abilità nel gioco che il Faraone conferisce a Yugi, Pegasus vince (anche grazie alla magia dell'Occhio del Millennio, con cui può leggere i pensieri altrui), prendendosi come "premio" l'anima del nonno, che imprigiona in una carta: se Yugi vorrà salvare suo nonno, dovrà sfidare Pegasus di persona, nel grande torneo che questi sta organizzando.

Insieme ai suoi amici Joey Wheeler (Katsuya Jonouchi), Tea Gardner (Anzu Mazaki), Tristan Taylor (Hiroto Honda) e Ryo Bakura, Yugi parte per l'isola dove si svolgerà il torneo, battezzata per l'occasione "Regno dei duellanti" (nella serie, "duellare" significa sfidarsi a Duel Monsters). Durante le eliminatorie, che si svolgono nei luoghi più disparati dell'isola, Yugi dovrà affrontare Bakura che trasformatosi in Yami lo sfida ad un duello delle ombre in quale Yami Bakura riesce ad evocare il Grande Divora Anime Oscure che, alla fine divora l' anima di Bakura spedendolo nel regno delle ombre. A mettere in difficoltà il protagonista saranno anche gli altri partecipanti al torneo, tutti intenzionati a vincere anche in modi disonesti. Mentre Yugi duella Yami Bakura grazie ai poteri del Millenium Ring torna nel regno degli umani dove si mette in cerca di Yugi, battendo nella sua ricerca anche Brukido Haga (Insector Haga in originale e Weevil Underwood nel resto del mondo) e Rex Raptor (Dinosaur Ryuzaki).

Al torneo partecipa anche Mokuba Kaiba, fratello di Seto, ma viene sconfitto da Yami Bakura che conquista la sua anima dandola a Pegasus in cambio della carta "Distruttore delle Anime": Seto tenta di salvarlo, ma la sua anima viene imprigionata da Pegasus. Nella semi-finale del torneo, Yugi si scontra con Yami Bakura che pur riuscendo ad evocare la carta datagli da Pegasus perde ugualmente. Alle finali Pegasus sfida Yugi che sembra nettamente in vantaggio, finché non gioca la carta del Drago Bianco Occhi Blu Toon ma Yugi e il Faraone riescono a metterlo in difficoltà cercando di distruggere il Mondo Toon. Pegasus spiega a Yugi che in questo torneo aveva manipolato tutti, dagli avversari più comuni a Yami Bakura. Alla fine, nonostante le carte cartoni animati di Pegasus, i cosiddetti mostri "Toon", che possono colpire l'avversario direttamente, e il mostruoso Abbandono - chiamato "Relinquished" nella versione inglese e "Sacrifice" in quella giapponese - che assorbe la forza delle creature altrui, hanno la peggio contro quelle di Yugi, che vince evocando il Mago del Caos Nero. Yugi alla fine libera le anime del nonno, di Seto e di Mokuba e conquista il titolo di Yu-Gi-Oh ("Re dei Giochi"), ma lascia il premio in denaro a Joey Wheeler, che lo userà per guarire sua sorella Serenity dalla cecità. Pegasus però riesce a far espoldere l'isola, tutti riescono a salvarsi incluso Pegasus, ma di Bakura non c'è traccia.